O serviço de Ouvidoria, disponibilizado pela Apesc Educação (Unisc, Educar-se e Cepru), funciona como um canal de comunicação com os seus públicos, por meio do qual qualquer pessoa pode manifestar democraticamente suas opiniões. O setor recebe consultas, elogios, sugestões e reclamações; encaminha-os aos setores competentes; e transmite as respostas aos solicitantes.
No ano de 2015, foram contabilizados 694 atendimentos na Ouvidoria.