A Apesc articula a participação da comunidade local na tomada de decisões, suscitando a democracia na dinâmica com que os rumos das mantidas são definidos. Três instâncias respondem por esse trabalho:
Assembleia Geral Comunitária: formada por 77 membros de distintos segmentos da comunidade local, representantes de órgãos públicos, educandários, iniciativa privada, organizações não governamentais, sindicatos e entidades da sociedade civil organizada.
Conselho Superior: integrado por 11 membros, que incluem o Presidente da Apesc, o Vice-Presidente da Apesc, a Reitora da Unisc e o Pró-Reitor de Administração da Unisc, o Presidente da Associação dos Docentes da Unisc (Adunisc) e seis membros eleitos pela Assembleia Geral Comunitária.
Direção: constituída pela Presidente da Apesc e pelo Vice-Presidente da Apesc, professora Carmen Lúcia de Lima Helfer e Jacob Braun, respectivamente.