No dia 18 de novembro de 1999 a Apesc obteve autorização do Conselho Estadual de Educação para a criação do Centro de Educação Profissional da Unisc (Cepru), instituição de educação que se consolidou como comunitária. Desde então, o Cepru dedica-se a atender à demanda de alunos para os cursos técnicos, subsequentes ao Ensino Médio, bem como para os cursos de extensão e de atualização.
O Cepru tem como compromisso capacitar jovens e adultos para o exercício de profissões técnicas. Ao desenvolver o currículo de cada curso, articula teoria e prática no processo de ensino e aprendizagem, seguindo padrões de exigência do mercado de trabalho e acompanhando as novidades e transformações que surgem, qualificando, assim, a formação das competências profissionais dos alunos. Além disso, firma parcerias com empresas, institutos, prefeituras, escolas, organizações e entidades de classe da região de abrangência da Apesc com vistas ao desenvolvimento de cursos e estágios.