A Unisc é composta por cinco pró-reitorias, responsáveis por diversas atividades que contribuem para o funcionamento e para o desenvolvimento da Universidade. São elas:
– Pró-Reitoria de Administração (Proad);
– Pró-Reitoria de Extensão e Relações Comunitárias (Proext);
– Pró-Reitoria de Graduação (Prograd);
– Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação (Proppg);
– Pró-Reitoria de Planejamento e Desenvolvimento Institucional (Proplan).